O Programa de Treinamento é um curso livre (Decreto n° 5.154, de 23 de julho de 2004), oferecido por instituições credenciadas por meio de acordos de cooperação, que tem o objetivo de preparar o médico para desempenhar o seu papel como especialista na área. Os Programas de Treinamento em Especialidades oferecidos pelo CHSL são credenciados junto às Sociedades Brasileiras em cada área de atuação. No Complexo Hospitalar Samuel Libânio, os alunos em treinamento têm a oportunidade de aprender na prática, em um ambiente hospitalar dinâmico e com casos reais. Acompanhados por profissionais experientes, eles desenvolvem habilidades técnicas e científicas, participam de atendimentos, procedimentos e discussões clínicas, sempre com supervisão qualificada.